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近几年，各地乡镇卫生院在产权制度改革方面进行了大胆探索与实践，开展了股份合作、拍卖转让、公有民营等不同形式的改革，缓解了乡镇卫生院的矛盾和困难，激活了部分乡镇卫生院。但是，由于产权制度改革还不够完善，政府对产权制度改革中诸如养老保险经费、防保经费的投入不足，一些地方只注重经济效益、不注重社会效益等原因，导致改革中出现了一些“并发症”，严重制约了农村卫生事业的可持续发展，必须严加防范。 防止弱化乡镇卫生院的综合服务功能乡镇卫生院是向农村居民提供综合性基本卫生服务的非营利性医疗机构，是农村卫生三级医疗预防保健网的枢纽，是农村卫生服务体系的主体。其主要功能有：预防保健、基本医疗、健康教育、卫生管理等。只有充分发挥其综合功能，才能切实为广大农村居民的健康提供有力保障。重医轻防、重经济效益轻社会效益，将使乡镇卫生院的综合服务功能削弱，对农村居民的健康构成严重威胁。 防止国有资产流失或私有化产权制度改革允许私人资本及职工集资合股进入卫生院，增加了卫生院的固定资产，但这些固定资产都要以生产要素形式参与分配，让投资者获得投资回报。因此要合理确定分配比例，防止变相将集体财产转变成私人财产。在清产核资和对固定资产折旧率的测算过程中，也要防止国有资产流失。 防止医疗市场混乱乡镇卫生院产权制度改革，首先要解决人浮于事的问题。一些地方通过股东大会或董事会分流了部分医技人员，而这部分分流人员又未得到妥善安置，导致乡镇、村个体开业医急剧增多。对此，要加强管理，防止本来就难于管理的农村医疗市场更加混乱。 防止短期效应由于产权制度改革后，卫生院的每笔开支都直接关系到集资者的经济利益，故投资者不愿意在提高医疗技术水平，尤其是医学人才培养方面加大投入，使得乡镇卫生院在人才、技术方面缺乏远景规划。对此，要防止只顾眼前利益的短期行为。
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